Многие ущелья и долины Заилийского Алатау заняты ледниками. Верховья их широкими цирками внедряются в склоны вершин, откуда на них сползают мощные толщи фирнового снега. Транспортируя на себе падающие обломки камней, ледники заполнили долины моренными отложениями из валунов и щебня. Эти отложения перегораживают долины, ущелья и окаймляют склоны вдоль ледниковых языков. Район современного оледенения в Заилийском Алатау в основном занимает пространство длиною до 140 км. На северном склоне он располагается между меридианами 76º18’ и 78º0’. Здесь его крайними участками являются: на западе - верховья реки Узункаргалы и на востоке - верховья реки Ассы. На южном склоне современное оледенение ограничено меридианами 76º16’ и 77°40’. Здесь крайние ледники в западной части хребта залегают в истоках реки Тегирментысу, впадающей в реку Чон-Кемин, а в восточной части - в истоках реки Оденсай, впадающей в реку Чилик.

ОЛЕДЕНЕНИЕ НА СЕВЕРНОМ СКЛОНЕ ЗАИЛИЙСКОГО АЛАТАУ
Северный склон Заилийского Алатау занят ледниками на площади 297 км². Оледенение наиболее развито в самой высокой части хребта, где господствует массив Талгарского Типа. К западу и востоку от последнего оно постепенно уменьшается.
Бассейн реки Аксай
Задняя стена бассейна, возвышающаяся максимально, по одним данным до 4500-4600 м, а по другим - только до 4100 - 4200 м, имеет протяжение по гребню хребта в 10 км. В ущельях и карах этой стены располагается более 15 ледников.
В истоках Левого Аксая, выше двух маленьких озерков, на склоне вершины с высотой в 4206 м, залегает каровый ледник длиною до 2 км, обращенный на северо-запад. Горбунов назвал его ледником Краеведов.
В истоках Среднего Аксая обнаружено четыре ледника. Самый крупный был назван в честь известного казахстанского зоолога В. Н. Шнитникова. Этот ледник спускается в долину ниже всех остальных. В длину он имеет около 4 км, в ширину в области верхнего участка - около 3 км, а на конце языка - 300 - 400 м. Язык ледника короткий, уходит под моренные отложения. Имеет много промоин и ледяных гротов.
В истоках Правого Аксая зарегистрировано девять ледников. Самый крупный из них вместе с фирновыми полями имеет в длину не более 2 км. Его язык, падающий под углом в 5º-8º, не доходит до фронтальной морены 10 -15 м, которая возвышается перед ним небольшим валом.
Бассейн реки Большая Алматинка
Река Большая Алматинка слагается из двух ветвей. Левая (западная) известна под именем “Проходная”. Правая (восточная) носит название “Большая Алматинка”.
Долина реки Проходной окаймляется на западне Каргалинским отрогом, а на востоке - Большеалматинским. На юге и юго-востоке она замыкается главным гребнем хребта, который имеет здесь простирание к северо-востоку.
Общая площадь всех ледников реки Проходной вместе с фирновыми полями и погребенными частями составляет 7.2 км² .
Бассейн правой ветви Большой Алматинки   глубоко вдается в основной хребет. Размеры оледенения в нем гораздо значительнее, чем в верховьях левой ветви. Здесь выделяются 4 более или менее обособленные друг от друга ледниковые группы. Первая из них расположена на склоне главного гребня между западным боковым отрогом и основным истоком реки. Это часть главного гребня по своей высоте не превышает 4000 м. Северный склон гребня круто падает в широкую долину, заполненную древними моренными отложениями. Эта долина берет начало с седловины бокового отрога, отделяющего бассейн левой ветви реки от бассейна ее правой ветви. Когда-то седловина была занята переметным ледником. В настоящее время на его месте моренные отложения. На северном склоне гребня с наиболее высокой вершиной в 4243 м, а в среднем не превышающем 4000 м, в коротких и крутых ущельях залегает шесть ледников длиною от 0.5 до 1.5 км. Концы их, за исключением одного, до долины не доходят. Тот же ледник, который спускается в долину, отличается более значительной длиной (до 2 км). Он находится вблизи поворота гребня на юг. На всем своем среднем и нижнем течении он покрыт сплошными моренными отложениями. Под покровом моренных отложений он медленно продвигается вперед. Крупным и высоким валом он лежит среди старых заросших холмов долины. За свою характерную внешность этот ледник назван “Моренный”.
С юго-запада на северо-восток эти ледники располагаются в следующем порядке: Ледник Перевальный залегает в истоках Южного потока, в расширенном каре, состоящем из двух камер со средней абсолютной высотой стен более 4000 м. Из этого кара он выходит в главную долину, где его открытая часть, погребенная под моренами, достигает седловины основного хребта. Площадь ледника Перевального составляет: фирновые поля - 0.82 км², открытая часть языков - 0.65 км², погребенная часть языков - 0.72 км² , а всего - 2.19 км².
Ледник Черный назван по темному цвету своих моренных отложений первооткрывателем В. Д. Городецким в 1916 г.   Площадь ледника достигает 3.59 км². Из нее на долю фирновых полей приходится 1.93 км², на открытую часть языка 0.61 км² и на погребенную 1.05 км².
Ледник Скалистый находится за коротким скалистым отрогом к северу от ледника Черного.  В длину ледник составляет 1.95 км. Средняя ширина фирнового поля - 730 м, языка - 500 м. Площадь ледника 1.92 км² . В более ранее время ледник Скалистый принадлежал к одному из притоков ледника Главного. Связь с последним он не утратил и теперь, соединяясь с ним под моренными отложениями.
Ледник Главный состоит из двух ветвей - левой и правой. Левая ветвь начинается в глубоком узком цирке, заснеженном на всех сторонах. Замыкающие цирк снеговые вершины имеют среднюю высоту 4000 м. Ниже котловины, на левой половине языки появляются трещины, вначале маленькие, затем все более значительные. Вскоре они переходят в ледопад с крутизной более 28º. Им заканчивается открытая часть ветви. Правая ветвь ледника Главного берет начало с гребня бокового отрога хребта, отделяющего бассейн Большой Алматинки от бассейна Левого Талгара. На гребне имеется узкая седловина, покрытая снегом. Площадь ледника Главного  с погребенной частью составляет 5.23 км².

СЕВЕРО - ВОСТОЧНЫЕ ЛЕДНИКИ
Юго-восточный склон пика Советов несет на себе более десятка обособленных снежных пятен, лоскутов и полос. Перед ними тянутся вниз груды мореных отложений.
На южном склоне пика Погребецкого находится один небольшой ледник (без имени) и ледник Змеевидный, отличающийся оригинальным видом. Он лежит в глубоком каре. В длину ледник имеет 1.89 км.
На западном склоне отрога Туристов залегает ледник Мутный с небольшим обособленным снежником. Ледник Мутный представляет собой головной ледник котловины. Занимает он не все ложе ущелья, а только северную половину его поперечного профиля. Площадь ледника - 0.74 км².
Северный склон отрога Молодая Гвардия несет на западном конце небольшой плоский висячий ледник, а к востоку от него находятся ледники Тимофеева (самый крупный во всей котловине, его площадь составляет 3.07 км²) и Грязный (площадь ледника 1.44 км²).
Горноледниковый бассейн Туюксу
Горно-ледниковый бассейн Туюксу представляет собой верхний участок бассейна реки Малой Алматинки, стекающей с северного склона хребта Заилийский Алатау и впадающей в реку Каскелен. Современное оледенение в горноледниковом бассейне Туюксу представлено 10 ледниками. Общая площадь 7.9 км² (41% площади бассейна). Ледник Центральный Туюксу почти симметрично расположен в центре замыкающего долину цирка и тянется с юга на север. Средняя высота вершин и гребней, окаймляющих фирновый бассейн ледника составляет 4120 м. Язык ледника в своей верхней части плавно спускается до последнего ригеля, где разрывается на множество широких (до 2 м) и глубоких (10-15 м) трещин. С высоты 3600 м трещины исчезают и не встречаются до самого конца ледника. Вместе с тем здесь на поверхности льда появляется моренный материал, количество которого увеличивается к низу. В настоящее время конец языка уплощен и засорен поверхностной мореной. Самый конец языка “обозначен” бордюром из конусообразных “муравьиных куч” высотой до 1.5 - 2 м. Ниже ригеля к языку ледника Туюксу с востока подходит ледник Иглы Туюксу. Этот ледник опускается на северо-запад со склонов одноименной гряды и с вершины Туюксу (4220 м). Несмотря на значительную крутизну стены цирка, она повсеместно покрыта снегом. Средняя высота тыловых гребней цирка равна 4190 м. Сам цирк представляет короткое и относительно пологое ущелье. Открытый язык ледника имеет длину 1.6 км. Мертвый лед погребенной части, так же как и у ледника Туюксу, опускается до высоты 3200 м и теряется в общей погребенной массе льда, принадлежащей всем ледникам котловины.
К западу от ледника Туюксу, на восточном склоне отрога Кумбель, залегают четыре ледника:
Ледник Зои Космодемьянской начинается с одноименной вершины (4070 м) и на высоте 3610 м открыто сливается с ледником Туюксу. Морены на леднике развиты слабо.
Ледник Молодежный занимает короткое, открытое на северо-восток ущелье, лежащее к западу от ледника Туюксу. Отрог, ограничивающий ледник с юга, увенчан вершиной Молодежной (4147 м), склоны которой покрыты снежно-фирновыми массами. Короткий язык ледника начинается от подножия склона и под углом 11º-13º достигает зандра, в основании которого находится глетчерный лед. Летом котловина зандра, окруженная моренами, заполняется талыми водами, образующими приледниковое озеро № 1. Южный склон ущелья свободен от оледенения, а от современного ледника отделен грядами разновозрастных морен.
Ледники Висячий 1 и Висячий 2 залегают в узких и коротких ложбинах склона отрога, ограничивающего с севера ледник Молодежный. Оба ледника отличаются небольшими размерами. Оба ледника окаймляются небольшими моренами. Остальные четыре ледника (Партизан, Орджоникидзе, Маяковского и Маметовой) залегают на западном склоне Малоалматинского отрога. Все они ориентированы на запад.
Ледник Партизан занимает самые высокие гипсометрические уровни в бассейне (от 3710 до 4370 м), в связи с чем обладает наиболее благоприятными условиями для своего существования. Этот ледник единственный в бассейне, свободен от боковых и фронтальных морен.
Ледник Орджоникидзе прилегает к западному склону одноименного пика (4410 м). Погребенная часть языка сливается с общей погребенной массой льда ледника Туюксу и Иглы Туюксу.
Ледник Маншук Маметовой является самым северным ледником горно-ледникового бассейна Туюксу. Этот ледник залегает на западном склоне Маншук Маметовой (4194 м). Длина ледника 1.1 км. Вследствие большой крутизны (до 50º ) склона Маншук Маметовой заснежен слабо, лед здесь образуется ниже гребня и прилегающих к нему скалистых гряд. Ледник имеет правую и левую боковую морены, значительно превосходящие по ширине концевую часть открытого языка.
Бассейн реки Левый Талгар
Река Талгар образуется из двух ветвей - Восточной, или Правого Талгара, и Западной, или Левого Талгара. В правую ветвь, вблизи слияния ее с левой, впадает еще одна ветвь - Средний Талгар, или Варакин ключ. Наибольшая степень оледенения отмечается в бассейне реки   Левый Талгар. Здесь учтено 33 ледника с общей площадью в 83 км². На втором месте стоит бассейн Среднего Талгара, где насчитывается 19 ледников с площадью в 38 км². Наименьшее оледенение наблюдается в верховьях Правого Талгара, где пока известно 6 ледников с площадью в 9 км².
Ледник Туристов   занимает северный склон бокового отрога, отходящего от массива Молодой Гвардии (Большеалматинский отрог) на восток, вглубь левоталгарской котловины. На этом отроге выделяется вершина СГУ (Свердловского Государственного университета) высотой 4522 м. Ледник начинается в среднем с высоты 4220 м и кончается открытой частью языка на высоте 3560 м, а погребенной - приблизительно на высоте 3400 м. Ледник имеет в длину 4 км.  Площадь  ледника 7.4 км².
Ледник Дмитриева (назван в честь первоисследователя ледников Заилийского Алатау С. Е. Дмитриева). Ледник является самым крупным во всем бассейне Левого Талгара. Ледник начинается с основного гребня хребта, где в центре находится вершина в 4468 м, к востоку от нее - пик ЦДКА, а еще дальше, в юго-восточном углу - пик Конституции. Ледник Дмитриева в основном обращен на северо-восток. Средняя высота задних стен его цирка определяется в 4350 м, самая нижняя часть открытого языка лежит на высоте 3550 м, погребенный под моренами лед прослеживается до высоты 3300 м и ниже. Длина всего ледника - 6.6 км, площадь - 20.9 км².
Бассейн реки Средний Талгар
Южная и восточная границы этого бассейна, являющегося частью общего бассейна Талгара, проходят по линии главного хребта, который здесь вначале тянется с запада на восток, а затем поворачивает на север. В верховьях Среднего Талгара с его притоками учтено 19 ледников общей площадью в 38 км².
Ледник Шокальского находится в голове Среднего Талгара, где занимает довольно широкую и разветвленную котловину. Длина всего ледника приблизительно равна 5-6 км. Площадь - 16 -18 км². Ледник состоит из трех ветвей.
Бассейн реки Чилик
Верхнее течение реки Чилик занимает продольную долину между хребтами Заилийского Алатау и Кунгей Алатоо. Оледенение на территории ее бассейна имеет место в обоих хребтах. Площадь оледенения составляет 300 км² и распределяется почти поровну на каждый из этих хребтов. Общие размеры оледенения на северной стороне бассейна Чилик, принадлежащей Заилийскому Алатау - 141 км². На этой территории насчитывается более 41 ледника. Основное оледенение приурочено к восточным склонам главного хребта. Здесь сосредоточены самые мощные ледники - Корженевского, Богатырь, Жангырык. Площадь только первых двух из них со своими притоками и фирновыми полями составляет около 75% от всего оледенения северной части бассейна Чилика. Эти два ледника - гиганта ( по местным масштабам) являются, так же как и другие ледники Заилийского Алатау, остатками более значительных ледников прошлого.
Ледник Жангырык занимает головную котловину, разделенную отрогами гор на два больших резервуара. Он берет начало с юго-восточных склонов Заилийского Алатау, с восточных склонов Чилико-Кеминской перемычки и северо-восточных склонов хребта Кунгей Алатоо. На левой стороне его задней стены цирка возвышается пик Конституции, а на правой (уже на гребне Кунгей Алатоо) - вершина высотой 4775 м. Ледник состоит из двух ветвей - левой (западной) и правой (южной). Ледник Жангырык отличается живописностью. Ослепительно белые снега сползают в его цирк с отлогих круглых сопок. Местами, и притом редко, на заснеженных склонах гор выступают обнаженные скалы. Широкие фирновые поля плавно тянутся к гребню хребта. К левой ветви ледника спускаются с боковых склонов гор три потока: два слева и один справа. Общая площадь всего оледенения в бассейне Жангырыка (считая и на склонах хребта Кунгей Алатоо) составляет более 30 км².
Ледник Богатырь - второй по величине ледник в Заилийском Алатау. Он залегает в истоках реки Юго-восточный Талгар. Высшей вершиной является пик Богатырь (4626 м). С юга ледник Богатырь ограничивается боковым отрогом Жусанды-Кунгей, с севера - южным Иссыкским отрогом, несущим на себе вершину Иссыктеншоку высотой в 4800 м. Длина ледника без фронтальных морен составляет около 8 км, ширина у слияния трех его ветвей - 2300 м, а вблизи конца языка - 700 м. Верховья ледника Богатырь отличаются резкими и строгими контурами. Здесь среди ровных и волнистых поверхностей цирка вздымаются обрывистые скалистые вершины. Одна сторона их, обращенная к юго-востоку, совершенно голая. Другая, северо-западная, покрыта взбугренными толщами снега. Некоторые, более пологие вершины полностью утопают в этих толщах; а те, которые покруче, разлинованы отдельными снежными полосами, залегающими в ущельях и нишах. На левой стороне ледник кончается крутым недоступным лбом, на правой же - он весь погребен под обломками камня. В одном месте на моренных отложениях лежат огромные глыбы, оторвавшиеся, вероятно, при землетрясении, с соседнего склона горы.
Ледник Корженевского   является самым крупным в Заилийском Алатау. Он занимает обширную площадь в истоках реки Южный Иссык между отрогом Южным Иссыкским и главным хребтом, огибающий ледник с тыла и левой стороны. Средняя высота части гор, несущих на себе фирновые поля ледника, составляет приблизительно 4500 м. Открытый конец языка спускается до высоты 3300 м. Между высшей и низшей точками ледника вертикальное расстояние достигает 1717 м.  Длина ледника около 11.2 км, площадь - около 38 км². Верховья ледника расположены в четырех фирновых бассейнах, из которых крайние являются наиболее крупными. Их вид вместе с громадами окружающих гор самый величественный во всем Заилийском Алатау. Все задние стены цирков представляют сплошное снежное поле, наклоненное под углов 25º-30º. Ширина ледника в районе слияния всех ветвей достигает 4 км, далее она постепенно уменьшается. В нижнем течении языка она уже составляет 700-800 м. Ледник в верхней части течения несет на себе четыре срединных морены. Две из них сливаются затем в одну. По языку ледника в глубоком каньоне бурно мчится главный поток талых вод. На конце, имеющем южную экспозицию, язык ледника становится крутым и разбивается во всю ширину на ряд уступов.